Η μελέτη του «πρωτεώματος» (κατ΄αναλογία με το γονιδίωμα) είναι πολύ πιο δύσκολη από την απλή ανάγνωση των γενετικών πληροφοριών, καθώς οι πρωτεΐνες παρουσιάζουν μεγάλη ποικιλία σχημάτων και λειτουργιών, και επιπλέον εντοπίζονται σε συγκεκριμένους ιστούς του σώματος και όχι σε όλους. (*)